動物の遺伝子を組み込んで作られた、
「アイリス」と呼ばれるバイオロイド。
「アイリス」が存在する近未来。
「人間の完全なるパートナー」として作られた「アイリス」は、人間社会に浸透し、今では人とアイリスが共に学ぶ学園も存在している。
「私立鞍馬学園」に通う主人公「槇原 亮太」は面倒見の良くお節介焼きな学生。
ある日道端で倒れていた身元不明のアイリス「桜（さくら）」を見つけ保護することに。そこから物語は動きはじめます。

それからしばらく彼女の面倒をみていたが、持ち主がいないということで、彼女のご主人 さまになることを決意するが。。。
道端で拾ったアイリス『桜（さくら）』と、そんな彼女の姉という『憂（うい）』との出会い。そして、彼女たちに何やら手を貸しているらしいアヤシイ男、「小神（おがみ）」の登場と、桜と出会ったことによって亮太の周囲は瞬く間ににぎやかに、そして慌しくなっていきます。
さらにそこに学園での女友達『鞍馬 綾乃（くらま あやの）や、学友のアイリス
『桃花（ももか）』も加わって騒々しさはさらに加速していくことになり……
彼の生活は、それまでとは一変することになるのでした。

不思議なアイリス桜と、それを囲む友人たちと共に送る学園生活──
その中で起きるアイリスたちの心の成長と、そんな少女たちの気持ちを一身に受けることになる亮太。
だが、そんな彼女たちはそれぞれに色々な“秘密”を持っていて……？
そんな彼氏彼女の、大騒ぎの日々がここにスタートするのでした。